（1）存在问题及理由：
①某公司与张某签订合同不对，该公司应依据土地权属，与农村集体经济组织或者村委会签订临时使用土地合同。
②向镇政府申请临时用地不对，要向所在地市自然资源主管部门提交申请。
③申请耕地作临时用地，在报批前，应当先经农业主管部门同意。
④镇政府批准临时用地不对，涉及占用耕地的，由市级或者市级以上自然资源主管部门负责审批。
⑤住宅小区项目施工占用耕地5亩面积过大，不属于国家重要能源水利交通等基础设施类等不可避免的项目，尽量不占或者少占耕地。
⑥申请材料不足，除了临时用地申请书、土地复垦方案报告表，还应提供临时使用土地合同、项目建设依据文件、土地权属材料、土地利用现状照片及其他必要材料。
（2）处理方式：
①建设单位合同无效，属于未经批准进行临时建设的，应当停工，限期拆除，使用耕地的应当复垦为耕地，可以并处罚款。
②镇政府违规审批，责令改正，通报批评，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
③临时用地批复无效，撤销该宗用地批准文件，责成收回临时用地。造成经济损失的要承担赔偿责任，构成犯罪的要承担刑事责任。
④没收村民张某的违法所得。
