案例题 某公司拟在城市规划区内建设一座面积为10000m2的综合楼。该项目经过市城乡规划行政主管部门批准，取得了建设工程规划许可证。该公司委托一家甲级设计单位进行施工图设计，对原投标方案的总平面布局作了调整，增加了建筑面积3000m2。该设计单位负责人几次向该公司催要相关部门的批准文件，却一直未能得到。在该公司的再三催促下，该设计单位完成了施工图设计。两年后工程竣工，在工程竣工验收时，被城市规划行政主管部门认定为违法建设。
【问题】
试问：该项目为何被认定为违法建设？请结合案情提出处理意见。