两次估价结果产生差异的原因如下：
（1）估价时点不同。乙估价机构评估在建工程的估价时点与丙估价机构评估估价对象抵押价值的估价时点相距半年以上，由于时间的变化，房地产市场行情会发生变化，房地产价值也会发生变化。
（2）估价目的和价值类型不同。乙估价机构的估价目的是转让目的，评估的是估价对象的市场价值，而丙估价机构的估价目的是抵押贷款目的，评估的是估价对象的抵押价值，估价对象房地产的抵押价值等于在假定估价对象在价值时点未设立法定优先受偿权下的市场价值减去注册房地产估价师所知悉的法定优先受偿款，仅就估价目的和价值类型不同而言，两个价格之间会有差异。
（3）设计方案变更。由于甲公司修改了原设计方案并经过政府主管部门批准，估价对象用途、规模均有可能发生了改变，仅从改变设计方案角度看，改变前后估价对象市场价值也会有差异。
（4）购买后投入后续建设资金。项目购买后，甲公司投入了后续建设资金建设了半年，估价对象价值与购买价值会有差异。
（5）估价对象的状况发生了变化。估价对象房地产状况的描述包括基本状况、实物状况、权益状况和区位状况。乙估价机构和丙估价机构的评估对象均是在建工程项目，但经过甲公司施工半年、并重新修改了设计方案，其基本状况和实物状况都发生了变化。评估对象状况的变化会导致两个评估价格之间存在差异。
