（1）、
土地增值税的纳税人应向房地产所在地乙市主管税务机关办理纳税申报。
纳税人是法人的，如果转让的房地产坐落地与其机构所在地或经营所在地不一致时，则应在房地产坐落地所管辖的税务机关申报纳税。
（2）、
该公司清算土地增值税时允许扣除的取得土地使用权所支付的金额=10000+10000×5%=10500（万元）
取得土地使用权所支付的金额包括地价款和取得土地使用权时按国家统一规定缴纳的有关费用。
（3）、
①取得土地使用权所支付的金额=10500（万元）。
②房地产开发公司在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发公司开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质量保证金不得计算扣除；则可扣除的房地产开发成本=15000×（1-10%）=13500（万元）。
③开发费用=3000+（10500+13500）×5%=4200（万元）
④允许扣除的税金及附加=880（万元）
⑤加计扣除项目金额=（10500+13500）×20%=4800（万元）
该公司清算土地增值税时允许扣除项目金额的合计数=10500+13500+4200+880+4800=33880（万元）。
（4）、
增值额=80000-33880=46120（万元）
增值率=46120/33880×100%=136.13%
适用税率为50%，速算扣除系数为15%。
应补缴的土地增值税=46120×50%-33880×15%-900=17078（万元）
