（1）应由青木公司住所地法院管辖。根据规定，采用实质合并方式审理关联企业破产案件的，应由关联企业中的核心控制企业住所地人民法院管辖。核心控制企业不明确的，由关联企业主要财产所在地人民法院管辖。多个法院之间对管辖权发生争议的，应当报请共同的上级人民法院指定管辖。本题中，青木公司为管理企业中的核心控制企业，故清算组申请关联企业破产案件，应由青木公司住所地法院管辖。
（1分）
（2）法院未组织听证，不符合规定。裁定作出时间符合规定。根据规定，人民法院收到实质合并申请后，应当及时通知相关利害关系人并组织听证，听证时间不计入审查时间。人民法院应自收到实质合并申请之日起30日内作出是否实质合并审理的裁定。
金业投资公司对法院裁定不服，可以自裁定书送达之日起15日内向受理法院的上一级法院申请复议。
（2分）
（3）符合规定。根据规定，人民法院在审理企业破产案件时，应当尊重企业法人人格的独立性，以对关联企业成员的破产原因进行单独判断并适用单个破产程序为基本原则。当关联企业成员之间存在法人人格高度混同、区分各关联企业成员财产的成本过高、严重损害债权人公平清偿利益时，可例外适用关联企业实质合并破产方式进行审理。本题中，青木证券与金圣投资、金业投资公司在资产、债务、企业管理等方面高度混同，可以适用实质合并破产。（2分）
（4）债权人甲公司的主张不符合规定。根据规定，进行实质合并破产，是对各企业的资产与负债统一处置，并不具有对各关联企业实行公司法上组织合并程序的效力。
金圣投资公司的主张不符合规定。根据规定，采用实质合并方式审理破产案件的，各关联企业成员之间的债权债务归于消灭，各成员的财产作为合并后统一的破产财产，由各成员的债权人在同一程序中按照法定顺序公平清偿。程序合并破产中，不消灭关联企业成员之间的债权债务关系，但不当利用关联控制关系形成的债权，应当劣后于其他普通债权清偿。（2分）
（5）债务人欠缴的住房公积金作为共益债务清偿，不符合规定。债务人欠缴的住房公积金，按照债务人拖欠的职工工资性质清偿。
证监会对青木公司的行政罚款优于普通债权清偿，不符合规定。破产财产依照企业破产法规定的顺序清偿后仍有剩余的，可依次用于清偿破产申请受理前产生的民事惩罚性赔偿金、行政罚款、刑事罚金等惩罚性债权。故普通债权应优于行政罚款清偿。
将金圣公司持有的两支股票分配给债权人甲公司，符合规定。破产财产难以变现处分或变价会造成较大损失等情况，在破产分配时，经债权人会议决议，可以进行实物分配、债权或股权分配。（3分）
