分析要点：
本案例考核招标人、中标人在签订合同过程中是否可以直接调整签约合同价一事。
《招标法》第四十六条规定，“招标人和中标人按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。《招标法》第五十九条规定了本条的法律责任，“招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的，责令改正，可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款”。这里的实质性内容主要指两方面内容，一是投标价格，二是投标方案。《工程建设项目货物招标投标办法》(国家发展和改革委员会建设部铁道部交通部信息产业部水利部中国民用航空总局令第27号)第四十九条又进一步规定，“招标人不得向中标人提出压低报价、增加配件或者售后服务量以及其他超出招标文件规定的违背中标人意愿的要求，以此作为发出中标通知书和签订合同的条件”。所以无论是签订合同过程中，或是合同执行过程中，法律都不允许招标人、中标人签订或背离合同实质性内容的其他协议。
合同执行的依据是当事人双方签署的有效合同文件，这里需要强调的是构成合同的有效合同文件。一般合同的组成文件中，均包括双方当事人签署的补充协议，但并不是双方签署同意的所有文件都是有效文件，都构成合同。根据诚实信用原则，双方违反法律法规强制性规定签署的协议就不能构成有效合同，因为《合同法》第五十二条明确规定违反法律法规强制性规定的合同为无效合同。
本案例涉及招标人怎样预防低价中标，给招标人带来合同风险问题。《招标法》第四十六条规定，“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，同时又规定招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交”。《工程建设项目施工招标投标办法》第六十二条又进一步规定，“招标人不得擅自提高履约担保金”，这里的擅自提高履约担保金，就是指招标人在招标文件规定数额基础上更改履约担保额，而中标人又不同意的情形。所以签订合同协议时，招标人不能擅自提高招标文件规定的履约担保的金额。
为预防低价中标带来合同履行风险，招标人可以在招标文件中事先约定好一个增加履约担保金额的界限和增加幅度，但履约保证金的最高比例应满足国家及地方相关规定进而保护好招标人的利益。
答案：
问题1：
包件1中，招标人在发出中标通知书后要求中标人甲在原中标价基础上再优惠三个百分点的做法违反法律规定。
《招标投标法》第四十六条规定，招标人和中标人按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这里的实质性内容主要指两方面内容，一是投标价格，二是投标方案。《工程建设项目货物招标投标办法》第四十九条又进一步规定，招标人不得向中标人提出压低报价、增加配件或者售后服务量以及其他超出招标文件规定的违背中标人意愿的要求，以此作为发出中标通知书和签订合同的条件。所以，签订合同过程中，招标人不能提出压低中标价格，并以此作为签订合同的条件。
包件1中，如果中标人甲同意优惠，并按优惠价签订协议的做法违反法律规定，属于签订了背离合同实质性内容，即中标价格的其他协议，招标人和中标人同时违法。
根据《招标投标法》有关规定，招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的，责令改正，可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。
问题2：
签订合同协议时，招标人不能在招标文件规定数额的基础上再提高履约担保的金额。因为签订合同的依据是投标文件和招标文件。
同样的，中标人不同意提高履约担保金，招标人也不可据此取消其中标资格。根据
《工程建设项目施工招标投标办法》第六十二条规定，招标人不得擅自提高履约担保金，这里的擅自提高履约担保金，就是指招标人在招标文件规定数额基础上提高履约担保数额。
问题3：
为确保合同有效履行，招标人如果想预防过低投标价中标，防范合同履约风险，招标人可以在招标文件中事先约定好一个增加履约担保金额的界限和增加幅度，但履约保证金不应超过国家及地方的有关规定。合同签订的依据就是投标文件和招标文件，投标人对项目进行了投标，也就是表明接受了此项约束，一旦中标就对其产生法律效力。
