(1)样方法；竞争；光、温度、水等 (2)以A种群为食物的生物种类和数量减少；抵抗力
解析：(1)样方法适用于对植物的种群密度进行调查，调查时应该随机取样，样方数量尽量多，即样本量足够大。表格中的数据显示，A种群与B种群的数量“此消彼长”，可以判断二者之间存在竞争关系，这可能是导致A种群密度变化的重要因素。影响植物种群数量变化的非生物因素主要是光、温度、水等。
(2)A种群属于生产者，所以A种群逐渐减少甚至可能灭绝的情况，对其他生物最直接的影响是以A种群为食物的生物种类和数量减少。生态系统中的生物种类减少，可能导致生态系统的自我调节能力减弱，抵抗力稳定性下降。
